Thèse doctorale UE – Impact du microenvironnement sur la virulence des bactéries entériques

À propos du poste

Le réseau doctoral européen StraDiVarious, en partenariat avec l'Institut Pasteur, propose une thèse financée par l'Union européenne. Le projet porte sur l’impact du microenvironnement intestinal sur la colonisation et la virulence des pathogènes entériques, notamment l’EHEC.

Missions principales

• Étudier l’influence du microenvironnement intestinal (mécanique, métabolites du microbiote) sur la colonisation et la virulence d’EHEC.
• Utiliser des organoïdes coliques humains dérivés de patients et des organes‑sur‑puce pour moduler les paramètres environnementaux.
• Comparer des souches d’EHEC différant par leurs adhésines ou pili de type IV.
• Collaborer avec des équipes spécialisées (microbiologie, bioinformatique, biologie structurale, ingénierie).

Profil recherché

• Diplôme de master en microbiologie, biologie cellulaire, bio‑ingénierie ou discipline équivalente.
• Intérêt marqué pour la recherche sur les facteurs de virulence et les interactions hôte‑pathogène.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire et à communiquer les résultats.

Compétences requises

• Manipulation d’organoïdes coliques humains.
• Utilisation d’organes‑sur‑puce et maîtrise des paramètres mécaniques.
• Techniques d’imagerie cellulaire (vivante et fixée).
• Comptage CFU et essais de perméabilité de barrière.
• Immunofluorescence et RT‑qPCR.

Ce que nous offrons

• Financement complet de la thèse (2026‑2029) par l’UE.
• Accès à des plateformes de pointe et à des collaborations académiques et industrielles.
• Possibilité de stages chez des partenaires du réseau.
• Environnement de recherche international et interdisciplinaire.